Chaque année académique, le Collegium de Lyon invite environ 20 chercheurs de haut niveau et rattachés à des établissements hors Rhône-Alpes, seniors et juniors, sélectionnés par un Conseil scientifique international.

Les chercheurs seniors sont des scientifiques de haut niveau (professeurs des universités), et les juniors sont des jeunes chercheurs reconnus de moins de 40 ans.

En règle générale, leur séjour au Collegium dure 10 mois. Ils peuvent également toutefois venir pour une durée de 5 mois.

Le processus de sélection est unique pour tous les programmes de recherche. L'appel à candidatures est permanent, avec inscription des candidatures par voie électronique ou par courrier. Ce système permet d'évaluer jusqu'à quatre-vingt dossiers chaque année académique.

Les chercheurs invités bénéficieront dans un premier temps (jusqu'en 2010) de bureaux dans le bâtiment recherche de l'Ecole normale supérieure Lettres et sciences humaines de Lyon (ENS LSH) ou à l'Institut des Sciences de l'Homme. Ils profiteront ainsi des avantages liés à un lieu d'étude d'exception (tant sur le plan matériel qu'humain), ainsi que de la vie académique et culturelle offerte par la métropole lyonnaise, dotée d'une vaste infrastructure scientifique. A partir de 2010, le Collegium sera installé dans les locaux de l'Université de Lyon, sur le site Saint-Joseph.