En règle générale, durant la période du séjour de 10 mois, le chercheur senior invité devrait bénéficier soit d'une année sabbatique accordée par son établissement, soit d'un contrat de délégation entre le Collegium de Lyon et son établissement d'origine. Il revient de façon générale au fellow de demander à son institution ou à d'autres fondations de couvrir tout ou partie de son salaire. En fonction de chacune des situations rencontrées, le Collegium de Lyon réserve des indemnités à chaque fellow.

La négociation salariale sera faite au cas par cas, entre le fellow et le Président du Collegium de Lyon, avant son arrivée. Elle portera sur un montant de rémunération compensatoire, sur les frais de transport et de déplacement durant le séjour, notamment en fonction de la durée du séjour, de la distance géographique du fellow, et de sa famille s'il est accompagné. Le salaire du conjoint n'est pas pris en compte. Mais la recherche éventuelle d'un poste pour le conjoint fera partie de la négociation.

Le Collegium de Lyon s'engage en outre à prendre en charge des frais liés au séjour (affranchissement, petit matériel de bureau, photocopies ...). Les frais de téléphone feront l'objet d'une négociation individuelle par fellow, sur la base d'un montant maximal. Tout dépassement sera facturé au fellow.

Le contrat avec le Collegium de Lyon ne couvre pas les frais d'assurance et de couverture sociale, qui sont du ressort du fellow ou pourront être pris en charge en extra.

Pour les chercheurs juniors non rémunérés, le Collegium versera une compensation globale permettant, après une phase de négociation parallèle à celle décrite ci-dessus, un séjour à Lyon dans de bonnes conditions.